Acho que o Leo gosta do Zotero, mas eu continuo otimista com o Mendeley. Aliás, a última versão do Mendeley Desktop está ótima. Se eu voltar a usar mais o Firefox, prometo que sigo o conselho do Leo (embora isto quase sempre me resulte em cenários 2012…).
Mendeley
De Gustibus Non Est Disputandum 
Aqui o Mendeley só dava pau. Troquei pelo Evernote, que eu acho genial. Cheguei inclusive a assinar a versão premium.
@Marcelo Soares: as versões mais recentes do Mendeley não tem dado pau.
Eu também sou usuário premium do Evernote. Virou meu caderninho de anotações e cérebro eletrônico.
@Cláudio, você tá usando o Mendeley pra gerenciar as anotações sobre os artigos, ou apenas para catalogá-los?
O Mendeley tem muito potencial.